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国家传染病医学中心联合全国79家医院数据，平台监测证实新冠奥密克戎毒株的变异与波动。2022年11月至2023年4月初以BA.5.2和BF.7为主，自2023年4月初开始XBB分型逐步增多，2023年7月起，临床样本分型以XBB分型为主，EG.5增长较快，8月上旬新增发现FY.3.1和FL.13.2。世卫组织提到的“需要留意的”变异株（Variants Of Interest，VOI）中XBB.1.16检出较多（包括FU.1），“监视下的”变异株（Variants under monitoring，VUMs)中XBB.1.9.2及其亚型在2023年下半年占比较多，8月下旬检出EG.5.1的子代EG.5.1.1信天堂软件-首页，9月上旬检出EG.5.1.1的子代HK.3信天堂软件-首页，且HK.3在9-12月比例逐渐增加。10月下旬出现HK.3的子代HK.3.1及HK.3.2。2024年1月起出现JN.1，并在1-3月检出均在70%以上，出现JN.1.1及JN.6等分型，截至4月30日，仍以JN.1检出为主。
国传中心对地下污水也进行了检测，污水中新冠核酸浓度监测显示， 2024年1月10日前后有一个新冠高峰，随后达到感染高峰平台期，自3月27日开始出现下降趋势，4月中旬至今维持在3×104拷贝/L 水平，5月13日最后一次采样的浓度为2.95×104拷贝/L。并有进一步下降的趋势，且该数值与第二、三轮感染高峰的间隔期浓度相似。
当前监测数据提示，我国当前流行的新冠病毒仍属奥密克戎JN.1为主，而当前国际流行关注到了JN.1的子代亚型KP.2，截至5月12日，在我国本土病例中共监测到25条KP.2序列。每周报告的本土序列中KP.2占比在0.05%~0.30%之间，仍处于极低水平。后续虽然该亚型仍然会有出现比例增高的可能性，但是如同国际上该亚型虽然从今年3月起检测到，美国CDC监测提示截至5月11日，KP.2占比上升至28.2%，但急诊就诊、住院人数以及死亡人数来看，未见人数趋势的明显上升，因此可以判断KP.2后续的实际临床风险有限。
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